Eurojust stimuleert en verbetert de coördinatie van onderzoeken en vervolgingen en de samenwerking tussen de bevoegde autoriteiten in de lidstaten, met name door de uitvoering van internationale rechtshulpverzoeken en de uitvoering van uitleveringsverzoeken te vergemakkelijken. Eurojust ondersteunt op alle mogelijke manieren de bevoegde autoriteiten van de lidstaten om hun onderzoek en vervolging doeltreffender te maken bij de aanpak van grensoverschrijdende criminaliteit.
Op verzoek van de 28 lidstaten kan Eurojust bijstand verlenen bij onderzoek en vervolging met betrekking tot die specifieke lidstaat en een niet-lidstaat indien een samenwerkingsovereenkomst is gesloten of indien een wezenlijk belang bij het verlenen van dergelijke bijstand wordt aangetoond.